Село Верхотомское это первое поселение русских сибиряков в окрестностях города Кемерово. Дата образования Верхотомского острога -1665 год.

  С 1859 по 1911 г.г. число жителей села Верхотомского увеличилось до 1100 жителей и 192 хозяйств. Действовало несколько лавок, мельница и школа грамоты. Активно прибывающие в 1885 года российские переселенцы-          « посельга » рассеялись по сторожильческим деревням и селам Верхотомской волости , образовали заселки: Воскресенский(1885 г.)  , Подъяковский (1887 г.), Осиновский (1890 г.) и Хмелевский (1892 г.).

 В 1882 году в Верхотомской волости насчитывалось 5 селений ,31 деревня,4 вновь образованных заселков , в которых проживало 4689 душ мужского и 4122 женского пола. Кроме хлебопашества и скотоводства некоторые семьи стали активно заниматься пчеловодством. Первая Вознесенская деревянная церковь была построена рядом с Верхотомским острогом в конце XVII в. Деревянный церковный храм второго поколения был освещен 7 июля 1849 г . В 1913 году, после пожара, здание церкви выстроили на прежнем месте на каменном фундаменте. В приходе имелось: церковноприходская школа в с. Верхотомское и школа Министерства народного просвещения в д. Кедровой, а также церковная библиотека. В селе Усть-Искитимский имелось сельское училище.

  В 1918 году в Острог пришли колчаковцы, которых изгнали в 1919 г. В селе установилась Советская власть, образовалась коммуна бедняков. Выбрали депутатов, земля была поделена. Во главе советов встал Кремлев Дмитрий Самсонович.  В эти годы он был первым учителем в селе, организовал комсомольскую организацию .В 1929 году началась коллективизация. Был организован колхоз «Путь к социализму». вступали только желающие. Они сдавали скот, зерно, плуги, сено. В 1931 году он распался на три колхоза: «Заря», «Красная горка», «Вперед к социализму». В колхоз вступили почти все крестьяне. В 1935 году образовались колхозы: «Крепи оборону», «Вперед к социализму».

 Еще в 1908 году в деревне была начальная школа. В 1927 году она стала школой колхозной молодежи.

1941 год, наступило суровое военное время. Все мужчины ушли на фронт. В колхозах было много скота и большая посевная площадь –всю работу взвалили на себя женщины и дети. Во время войны верхотомцы работали и на военном заводе в Кемерово. работали по 12 часов.

1945 год. Победа! В деревне царило одновременно и радость и горе. Трудно было восстанавливать разрушенное хозяйство. В 1950 году колхозы объединились в один «Колхоз им. В.И. Ленина». В 1957 году колхоз «Колхоз им . В.И.Ленина » вошел в совхоз « Щегловский »,в селе Верхотоском находилась животноводческая ферма № 4.

   9 мая 1966 года открыт первый памятник землякам погибшим в годы Великой отечественной войны. К 9 мая 1977 года проведена реконструкция памятника землякам погибшим в годы Великой отечественной войны, установлены мемориальные литы на которых выбиты 127 фамилий погибших на фронте.

31 октября 2008 года открыт памятник первому учителю деревни Кремлеву Дмитрию Самсоновичу. В 1916 году его приняли в партию большевиков, В 1918 году был избран председателем образовавшегося ревкома Вознесенской волости.3 ноября 1926 года погиб от пули кулака.

В 2007 году установлена мемориальная доска Клопову Михаилу Ивановичу, полному кавалеру ордена славы всех трех степеней.

Памятник-Камень основанию Верхотомского острога, на плите которого высечено «Того,1665 году был поставлен по Томи реке Верхотомский острог».

Достопримечательное место в селе-это место Верхотомского острога, который находится на высоком берегу Томи, за территорией Верхотомской школы, где установлен 5-метровый казачий деревянный крест.